Frombork położony jest w północno - zachodniej części województwa warmińsko - mazurskiego, w powiecie braniewskim. Usytuowany jest na Zalewem Wiślanym, na pograniczu Wysoczyzny Elbląskiej i Niziny Warmińskiej w odległości 100 km od Olsztyna i Gdańska.
Przez teren gminy przebiega droga krajowa nr 22 Elbląg - Kaliningrad. Otoczenie bezpośrednie stanowią gminy: Braniewo, Płoskinia, Młynary i Tolkmicko. Dzięki portowi Frombork dysponuje połączeniem wodnym z Krynicą Morską.